กิจกรรมการสำรวจพฤิตกรรมที่สัมพันธ์กับการติดเชื้อเอชไอวีในกลุ่มประชากรทั่วไป ได้เริ่มต้นตั้งแต่ปี พ.ศ. 2533 โดยสภากาชาดไทยร่วมกับจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ดำเนินการสำรวจพฤติกรรมทางเพศในกลุ่มประชากรทั่วไป เพื่อให้ได้ข้อมูลพฤติกรรมที่สามารถเป็นตัวแทนในระดับชาติได้ ซึ่งต่อมาได้มีการสำรวจซ้ำอีกครั้งในปี พ.ศ. 2536 โดยสถาบันประชากรและสังคม มหาวิทยาลัยมหิดล

ในช่วงประมาณปี พ.ศ. 2534 ถึง 2536 ได้มีหลายหน่วยงานพยายามจัดตั้งระบบเฝ้าระวังพฤติกรรมที่สัมพันธ์กับการติดเชื้อเอชไอวีในประเทศไทยขึ้น เพื่อติดตามการเปลี่ยนแปลงพฤติกรรมในกลุ่มประชากรที่แต่ละหน่วยงานสนใจ เช่น การติดตามพฤติกรรมในกลุ่มทหารเกณฑ์ในภาคเหนือตอนบนโดยกองทัพบกไทยร่วมกับมหาวิทยาลัยจอห์นฮอบกิ้นส์ และการเฝ้าระวังพฤติกรรมที่สัมพันธ์กับการติดเชื้อเอชไอวีในประชากร 3 กลุ่มในกรุงเทพมหานคร ได้แก่ ผู้มาใช้บริการที่คลินิคกามโรค กลุ่มคนงานโรงงานอุตสาหกรรม และนักเรียนในโรงเรียนอาชีวศึกษา โดยกรุงเทพมหานคร กองกามโรค กระทรวงสาธารณสุข และ AIDSCAP เป็นต้น

ต่อมาในปี พ.ศ. 2538 กองระบาดวิทยาได้พัฒนาระบบเฝ้าระวังพฤติกรรมที่สัมพันธ์กับการติดเชื้อเอชไอวีขึ้น โดยได้นำแนวคิดและวิธีการดำเนินการเฝ้าระวังพฤติกรรมของกรุงเทพมหานคร กองกามโรค และ AIDSCAP มาประยุกต์และปรับปรุงให้เหมาะสมกับการดำเนินงานเฝ้าระวังในระดับประเทศ ระบบเฝ้าระวังพฤติกรรมฯ ของกองระบาดวิทยา ได้เริ่มดำเนินการเก็บข้อมูลตั้งแต่ปี พ.ศ. 2538 ในประชากร 4 กลุ่มๆ ละ 350 คนต่อจังหวัด ได้แก่ กลุ่มทหารกองประจำการ กลุ่มคนงานชายและหญิงในโรงงานอุตสาหกรรม และหญิงตั้งครรภ์ ดำเนินการเก็บข้อมูลปีละ 1 ครั้งในเดือนมิถุนายน โดยใช้แบบสอบถาม (Self-administer questionnaire) เป็นเครื่องมือในการเก็บข้อมูล ต่อมาในปี พ.ศ. 2539 ได้เริ่มดำเนินการเฝ้าระวังในกลุ่มประชากรนักเรียนชายและหญิงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 5

ตลอดเวลาที่ผ่านมา กองระบาดวิทยาได้พยายามปรับปรุง และพัฒนาระบบเฝ้าระวังพฤติกรรมพฤติกรรมฯ ให้มีคุณภาพมากยิ่งขึ้น โดยได้ดำเนินการปรับปรุบงทั้งด้านระเบียบวิธีการเฝ้าระวัง ข้อคำถามเกี่ยวกับพฤติกรรม และวิธีการวิเคราะห์ข้อมูล อ่านเพิ่มเติม